Jesse y Walter son secuestrados por Tuco Salamanca después de que la DEA interrumpe sus negocios en Albuquerque. Retenidos en la casa de Héctor, tío de Tuco, ambos elaboran un plan y logran escapar antes de ser enviados a México. La investigación de la desaparición de Walter, lleva a Hank hasta la propiedad de Salamanca, donde comienza un tiroteo y el agente de la DEA termina ejecutando al traficante en defensa propia. Para encubrir su desaparición, Walter finge amnesia temporal y termina hospitalizado, pero su historia tienen tantas inconsistencias que sólo genera desconfianza en Skyler.
Jesse intenta deshacerse del laboratorio de metanfetamina pero sus padres descubren en lo que está involucrado y lo terminan corriendo de la casa de su abuela. La situación lo orilla a buscar un nuevo departamento, en donde conoce a Jane, una adicta en recuperación, con la que comienza una relación sentimental. Después de la muerte de Tuco, Walt y Jesse deciden trasladar el negocio a un nuevo territorio.