En la época actual, en Japón siguen existiendo los ninjas pues éstos tras la Segunda Guerra Mundial se han convertido en quienes resguardan a la población y son asignados a misiones nacionales e internacionales donde deben detener ataques terroristas o evitar algún mal en la sociedad japonesa. Aunque es sabido que aún existen los ninjas, éstos deben mantener su verdadera identidad en secreto por los grandes riesgos que correrían, así que deben mezclarse con los demás en la sociedad. Por lo regular cada uno es asignado a una tarea específica, pero hasta ahora el joven Kumogakure Kuro, quien por fin descubrió su verdadera vocación como ninja, se encuentra desempleado ya que ha pasado bastante tiempo para que le asignen una misión. En el momento menos esperado Kuro es contactado para una misión especial en la que deberá infiltrarse en una escuela y a partir de entonces su vida tomará un rumbo bastante súbito.
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