Corre el año 2030 y han pasado seis años desde el final de la Cuarta Guerra Mundial. Se permite la entrada de refugiados a Japón para llenar los vacíos laborales de la economía en crecimiento. Células terroristas que se identifican como los Once Individuos han iniciado una serie de ataques ultranacionalistas contra campos de refugiados, consulados extranjeros e incluso el Primer Ministro. Un nuevo líder carismático surge entre el movimiento de resistencia de los refugiados, un ex miembro del Individuo Once. Al mismo tiempo, un alto miembro de la Agencia de Inteligencia del Gabinete se pone en contacto con la Sección 9 con revelaciones impactantes y ambiciones desconocidas sobre el estado actual de las cosas.