Corre el año 2030 y han pasado seis años desde el final de la Cuarta Guerra Mundial. Se permite la entrada de refugiados a Japón para llenar los vacíos laborales de la economía en crecimiento. Células terroristas que se identifican como los Once Individuos han iniciado una serie de ataques ultranacionalistas contra campos de refugiados, consulados extranjeros e incluso el Primer Ministro. Un nuevo líder carismático surge entre el movimiento de resistencia de los refugiados, un ex miembro del Individuo Once. Al mismo tiempo, un alto miembro de la Agencia de Inteligencia del Gabinete se pone en contacto con la Sección 9 con revelaciones impactantes y ambiciones desconocidas sobre el estado actual de las cosas.
26 episodios
Transmitida desde: 2002
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El Ministro de Asuntos Exteriores se comporta de forma extraña tras una toma de rehenes en un restaurante. La Sección 9 es enviada a investigar.
Un tanque de batalla anda suelto. La Sección 9 debe investigar quién está detrás de todo esto. Los tachikomas se despliegan para detener el tanque.
Los androides tipo Jeri se están suicidando masivamente. Un virus parece ser la causa de esto. El artículo 9 debe buscar a la persona responsable.
Un detective de policía descubre algo sobre el Hombre Lanzador. Es asesinado antes de que pueda publicar sus hallazgos. La sección 9 investiga el asunto.
Después de seis años de ausencia, el Hombre que Ríe ataca de nuevo. Esta vez amenaza al comisario jefe de policía.
La Sección 9 todavía está buscando al Hombre que ríe, que aparece en varias formas. Mientras tanto, es necesario proteger al jefe de policía.
La Sección 9 vigila al famoso revolucionario Marcello Jarti, que visita regularmente Japón de forma sospechosa.
Una joven descubre que su corazón recién trasplantado puede provenir de una fuente no legítima, lo que incita a Kusanagi a emprender una cruzada personal.
Kusanagi escucha a escondidas una sala de chat futurista dedicada a los crímenes cometidos por El hombre que ríe, solo para descubrir que varios de los participantes de la sala de chat no son lo que parecen ser.
Batou debe aceptar un capítulo oscuro de su propio pasado cuando se le pide que localice a un brutal asesino en serie.
Togusa es enviado a investigar una misteriosa instalación gubernamental para el tratamiento del "síndrome de caparazón cerrado del cibercerebro". Lo que encuentre puede contener la clave del misterio del Hombre Risueño.
Uno de los Tachikoma está actuando de forma extraña después de haber estado fuera todo el día con una niña pequeña. El contenido del cibercerebro que encontró el Tachikoma, alarma a la Sección 9.
Una niña que fue secuestrada hace 16 años, de repente aparece nuevamente en público. Mientras tanto, un sofisticado barco se pierde. ¿Tiene algo que ver la niña, una de las primeras personas cibernizadas de la historia?
Los delincuentes tienen información sobre un banquero rico. Como se sospecha que se envía un asesino, la Sección 9 asume la protección del banquero.
Las reservas de Kusanagi con respecto a las unidades Tachikoma de la Sección 9 llegan a un punto crítico.
Batou tiene la misión de investigar a un ex campeón de boxeo, sospechoso de espionaje.
Aramaki va a visitar a un viejo amigo en Londres, quien sospecha que existe una contabilidad secreta en la empresa para la que trabaja. Su encuentro da un giro inesperado.
El ministro chino de Asuntos Exteriores es amenazado durante una visita a Japón. El principal sospechoso es el hijo de un viejo amigo fallecido de Aramaki.
La hija del ex primer ministro es secuestrada por un grupo terrorista cuya existencia siempre ha negado.
Togusa hace nuevos descubrimientos sobre El Hombre Que Ríe. Él investiga el asunto.
La Sección 9 busca al médico fugitivo Imakurusu, sin embargo, no es el único.
La mayor Kusanagi se mete en problemas cuando la transfieren a un nuevo cuerpo anfitrión. Aramaki investiga el secuestro de su hermano.
El director de Serano Genomics es secuestrado nuevamente. Las cosas se aclaran con su primer secuestro, hace años.
La Sección 9 está comprometida y las autoridades buscan formas de desmantelarla.
Siendo Batou y Motoko los únicos miembros restantes de la Sección 9, Batou emprende una arriesgada incursión al apartamento de Motoko para recuperar su escondite de armas ocultas.
El episodio revela lo que les pasó a los miembros de la sección 9 y tiene una larga conversación con el hombre risueño que concluye la serie.