El anime sigue la historia fiel de los tomos del manga del 1 al 6 que abarcan los capítulos del 1 al 11, mientras que para los últimos episodios se cambió el rumbo de los sucesos para ofrecer un final alternativo al manga.
Para la composición de la letra del opening de Elfen Lied, los autores se basaron en varios pasajes bíblicos y religiosos para así componer la letra en latín. Además la soprano japonesa, Kumiko Noma, interpreta la canción.
El opening y el ending rinden homenaje a las pinturas de Gustav Klimt, debido a que este pintor es el favorito del director del anime.
Basada en el manga homónimo de Lynn Okamoto.