Lain Iwakura es una joven de 14 años que ve su vida transformada cuando el resto de sus compañeros de clase y ella reciben correos de Chisa Yomoda, una antigua compañera de clase que se suicidó, por lo que estos emails han sido enviados de manera póstuma. Todos quedan atónitos ante este hecho y no se explican lo que está ocurriendo, pues Chisa les describe que está en un nuevo mundo con Dios. Debido a que Lain quiere averiguar lo que pasa, se adentra a la red denominada Wired o Nexo, la cual es una especie de internet y este lugar es el encargado de dar rienda suelta a pensamientos desde catástroficos hasta extraños que la joven tanto guardaba en su subconsciente. Lain comienza a olvidarse del mundo exterior y queda absorta por todo lo que hay en este Nexo, además conoce la existencia de algo o alguien llamado Psycho chip, que le otorga un poder ilimitado dentro de esta red, así que Lain decide pasar el resto de sus días en el Nexo disfrutando de su ominpresencia e influencia, olvidándose de quien es y que la vida va más allá de lo que hay dentro de una pantalla.
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