El ejército rebelde de Flame Alchemist empuja a las fuerzas de Central al borde del colapso, hasta que el líder caído del enemigo vuelve a tomar el control. Mientras mortales y monstruos hacen la guerra, el joven Edward y Alphonse Elric deben enfrentarse a un ser cruel con el poder impío de un Dios. Después de interminables aventuras e innumerables luchas, los niños encuentran el destino del mundo en sus manos cansadas. Cuando el Portal se cierre y el círculo se complete, ¿quién quedará vivo para celebrar los asombrosos sacrificios realizados?
12 episodios
Transmitida en TBS Japon
Transmitida desde: 18 de abril de 2010
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El rumor de un golpe de estado ayuda a los rebeldes, mientras May conduce a Envidia hasta una trampa que lo enfrenta con Mustang.
Edward descubre los planes ocultos de Envidia para que el grupo se desbande. Por otra parte, la suerte empieza a cambiar en la batalla entre los Armstrong y Pereza.
Una batalla termina y otra comienza. Hohenheim y Padre luchan por la piedra filosofal.
Padre planea su escape, mientras Bradley comienza su ataque al cuartel general de Central sorteando poderosos adversarios en el camino.
Bradley y Fu pelean a muerte, mientras el grupo de Edward se topa con el doctor que creó a Bradley... Se avecina un nuevo y peligroso desafío.
Ling absorbe todo el poder de Codicia para destruir al enemigo en el umbral. El grupo de Edward encuentra a Hohenheim, pero caen en una trampa.
La situación da un giro trágico mientras Edward, Alphonse, Hohenheim, Izumi y Mustang aguardan su destino en la guarida de Padre.
Padre ejecuta su plan y absorbe todas las almas en Amestris, lo que le permite acceder al Cielo y al Ojo de Dios.
Un eclipse es el último resquicio de esperanza para las almas de Amestris, y Hohenheim hace una gran revelación... Comienza la batalla final entre Edward y Orgullo.
Edward, Armstrong e Izumi encuentran la forma de debilitar los constantes ataques de Padre. Alphonse hace un sacrificio para ayudar a Edward.
Luego del enfrentamiento definitivo con Padre, Edward paga el sacrificio de Alphonse con la misma moneda. Al fin, Hohenheim encuentra paz.
Los hermanos Elric regresan a Resembool con un nuevo futuro por delante. Edward y Winry finalmente se confiesan sus sentimientos.