La segunda temporada contiene dos arcos narrativos. El primero adapta el manga Fairy Tail de Hiro Mashima y se centra en la alianza de Fairy Tail con otros gremios para derrotar al gremio oscuro Oración Seis, con la ayuda de la Dragon Slayer Wendy Marvell y un reformado Jellal Fernandez. En el segundo arco, Gray Fullbuster aparentemente traiciona al gremio y ayuda a Daphne, un mago trastornado, a capturar a Natsu para impulsar un dragón artificial.