En la 3ª temporada, hay más personajes complejos y enemigos más difíciles como el Duende Verde, en el capítulo 4 La aparición del Duende Verde metiendo a Spider-Man en situaciones más complejas. Aparecen en el capítulo 1 El Doctor Extraño Doctor Strange, en el capítulo 10 El regreso de Venom, Iron Man, y en el capítulo 6 Acusado, Daredevil, y cabe destacar las apariciones de Madame Web, en el segundo capítulo Pide un deseo, la segunda en el capítulo 8 El gran asesino, la tercera en el capítulo 9 Lápida, la quinta en el capítulo 10, El regreso de Venom, la sexta en el capítulo 11 La guerra de los duendes y la última aparición de esta temporada en el capítulo 12 El punto. En el capítulo 10 El regreso de Venom vuelve para vencer a Spider-Man y en el capítulo siguiente, aparece Carnage. La temporada concluye con el capítulo 13, La guerra de los duendes con la desaparición de Mary Jane.