En la 5ª temporada, en la saga se adaptan grandes historias de los cómics Marvel. Primero, esta temporada inicia con la boda entre Peter y el clon de Mary Jane. En el capítulo siguiente, se pasaría a la saga de los Seis Guerreros Olvidados, que se prolonga durante 5 episodios, desde el capítulo 2 hasta el 6, en la cual Peter Parker descubre el pasado de su familia. En esta saga sobresale la historia de Estados Unidos en la Segunda Guerra Mundial y los planes de Red Skull para vencer a los Estados Unidos. Además, aparecen de nuevo los Seis Siniestros, pero con el Buitre entre sus filas en el capítulo 3 Legado sin reclamar, para lograr capturar el arma secreta de Red Skull. También aparecen en el capítulo 4 El secreto de los seis el Capitán América y Red Skull, así como la creación de Electro en el episodio siguiente.