La temporada dos da inicio con la desaparición de Lydia. En otra parte, Scott intenta evitar que Derek cree nuevos hombres lobo, y Allison recibe una tarea de investigación de su familia.
12 episodios
Transmitida en MTV US
Transmitida desde: 21 de mayo de 2012
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Cuando Lydia desaparece del hospital, Scott, Stiles y Allison necesitan encontrarla antes de que lo haga la partida de caza del Argent. El cuerpo de Jackson parece estar rechazando "el mordisco" que Derek le dio.
Cuando matan al padre de Isaac, arrestan a Isaac y se acerca la luna llena. Scott y Derek revisan su casa mientras los Argent envían a alguien a la cárcel.
Scott y Stiles llevan a Allison y Lydia a una cita para patinar sobre hielo. Derek convierte a Erica. La Sra. Argent comienza a sospechar que Allison sigue viendo a Scott a pesar de su promesa de no hacerlo.
El cambiaformas con forma de lagarto continúa su matanza. Mientras Stiles escapa dos veces, salvando a Derek en el suceso.
Cuando Derek decide que Lydia debe ser la cambiaforma lagarto y que debe morir, la pandilla debe colaborar para asegurarse de que está a salvo.
Cuando se hace evidente que Jackson es Kanima, Scott lo persigue y rescata al padre de Allison, pero es visto por su abuelo.
Cuando Jackson escapa de la camioneta de transporte de prisioneros en la que Stiles y Scott lo llevaron, el padre de Jackson obtiene una orden de restricción para mantenerlos a los dos lejos de Jackson.
Scott, con la ayuda de sus amigos y el Dr. Deaton, intenta evitar que el kanima reclame a su próxima víctima en una próxima fiesta del almacén.
Peter se le aparece a Lydia en sus sueños y la convence de hacer algo "especial" para su fiesta de cumpleaños de este año.
Scott y Stiles están atrapados en el departamento del sheriff por el kanima y su controlador. Fuera de la estación, los Argents, bajo la dirección de su nuevo líder, vienen buscando acabar con los kanima y Derek.
Es la noche del juego del campeonato y Scott está en el banquillo como académicamente inelegible, mientras tanto debe evitar que Gerard desate el kanima sobre la multitud desprevenida.
Después de la aparente muerte de Jackson en el campo de lacrosse, Scott y los demás descubren que no está muerto, sino que simplemente se está transformando en una forma más poderosa.