Francis Lee estudió actuación en el Rose Bruford College y trabajó en el teatro después. Lee apareció por primera vez en televisión en 1994 en Peak Practice, seguido de varios papeles como invitado en series de televisión. Aunque hoy trabaja como director, nunca se formó en una escuela de cine. En los 2000, Lee perdió interés en la actuación y quiso contar sus propias historias. Mientras trabajaba por un poco de dinero en un depósito de chatarra, debutó como director con el cortometraje The Farmer's Wife (2012), seguido de los cortometrajes Bradford Halifax London (2013) y The Last Smallholder (2014). Ganó gran reconocimiento con la película de 2017 God's Own Country, que recibió elogios de la crítica, ganó premios en el Festival de Cine de Sundance y en los Premios Teddy, así como el premio al director Breakthrough en el Círculo de Críticos de Cine de Londres y el Premio BAFTA al Mejor Guionista Debutante. Su próxima película, Ammonite, está protagonizado por Kate Winslet y Saoirse Ronan como una pareja del mismo sexo en el siglo XIX, y contará con la distinción del Festival de Cannes 2020.