Después de una breve carrera en el futbol americano, Isaiah Mustafa decidió perseguir una carrera en la actuación. Realizó varios papeles pequeños antes de tener su primer crédito en el cortometraje The last supper (2006). Posteriormente participó en series de la televisión americana Ugly Betty, Navy: Investigation criminal, NCIS: Los Ángeles, Castle, Chuck, Los ángeles de Charlie, Nikita y Papá  canguro. En la pantalla grande debutó en la comedia dirigida por Tyler Perry, Medea’s big happy family (2011). Mustafa también apareció en Quiero matar a mi jefe (2011), dirigida por Seth Gordon; en la cinta de terror Crush (2013) del director Malik Badery, y formó parte del elenco de la película de comedia Back in the day (2014). Isaiah Mustafa ha tenido un papel protagónico en la serie de acción y fantasía Shadowhunters desde el año 2016. En 2018, se anunció que interpretaría la versión adulta de Mike Hanlon en la esperada It: Eso – Capítulo II (2019), cinta que retoma la vida de los adultos que pertenecieoron a la pandilla que derrotó al malévolo payaso de Maine.