Gracias al éxito en televisión, la serie tuvo dos películas. Una en 1998 y la otra una década después. The X-Files Movie fue el primer intento y contó con la dirección de Rob Bowman. Esta película sirvió como puente entre las temporadas cinco y seis.
Para el 2008 se produjo I Want To Believe, la cual fue dirigida por el creador de la serie Chris Carter, y escrita por él mismo junto a Frank Spotnitz. En un inicio, la película fue anticipada en noviembre de 2001, después de concluida la novena temporada de la serie.