En Nueva York una epidemia causada por cucarachas desata una terrible enfermedad que amenaza la vida de miles de niños en Manhattan. La doctora entomóloga, Susan Tyler (Mira Sorvino), crea un insecto modificado genéticamente, depredador de las cucarachas, para que termine con la plaga. Sin embargo, tres años después descubre que la especie que creó sobrevivió y evolucionó, regresado no para acabar con las cucarachas, sino con el ser humano. Es así como la Dra.Tyler y su esposo, el Dr. Pet Mann (Jeremy Northam), Director adjunto del Centro de Control de enfermedades, unen sus esfuerzos para erradicar la amenaza. Susan es atrapada por una de estas criaturas, que se transforma de humanoide en un gigante insecto volador y la lleva a su nido ubicado en un oscuro tunel. Ella logra escapar y tiene que atravesar las entrañas del metro para idear un plan, que pueda terminar con estas criaturas, apoyada por su esposo, un compañero de trabajo y un policía.
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