Un huracán saca a la superficie el huevo de Mothra a la isla Infant. Los aldeanos locales lo cuidan y Kumayama, empresario de Happy Enterprises, compra el huevo a los aldeanos locales, pero en lugar de permitir que los científicos estudien el huevo, Kumayama tiene la intención de explotarlo. Las sacerdotisas gemelas de Mothra aparecen y le ruegan que devuelva el huevo o, de lo contrario, la larva eclosionará hasta formar un ser incontrolable y causará un gran daño en busca de comida. Kumayama se niega rotundamente e intenta secuestrar a las hadas. Los reporteros Ichiro Sakai y Junko Nakanishi también tratan de persuadir a Kumayama de que devuelva el huevo. Kumayama todavía se niega, trayendo a la ciudad a la mamá Mothra en busca de su huevo. Mientras tanto, Godzilla se despierta y comienza más desastre a su paso. En Godzilla contra Mothra, la única esperanza de Japón es que Mothra encuentre su huevo y los ayude a vencer a Godzilla.
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