En La chica que saltaba a través del tiempo Matoko Konno es una adolescente japonesa, cursando la preparatoria, en medio de una rutina algo aburrida y monótona. No es una persona muy sociable y ha preferido llevar una vida sencilla y sin mayores cambios. Un día encuentra un mensaje extraño escrito en un pizarrón e inmediatamente después caen sobre un objeto en forma de nuez. Creyendo que se trato de alguna clase de alucinación, Matoko continua su día de forma normal, hasta que, de regreso a casa, pierde el control de su bicicleta y cae sobre las vías de un tren en el momento en que pasa. Pero al siguiente instante, regresa en el tiempo, poco antes del accidente y, de esa forma, puede evitarlo. Incapaz de comprender la situación, se encuentra con Kazuko, un amigo, quien le asegura que ahora tiene el poder de saltar el tiempo. Aprovechando su nuevo poder, Matoko empieza a utilizarlos para evitar llegar tarde, lograr las mejores calificaciones en la escuela y volver a una noche de diversión varias veces, pero con cada salto de tiempo, sus acciones han empezado a afectar a otras personas.
Ver más películas : Mejores películas del año 2006, La mejor película Animación, Mejores películas de Animación en 2006.