El guion de la cinta fue escrito por Carlos Cuarón, hermano de Alfonso Cuarón y autor también de Solo con tu pareja (1991) Y tu mamá también (2001) y Rudo y cursi (2008).
Desde que hizo El misterio del Trinidad el director José Luis García Agraz no ha vuelto a dirigir un largometraje.
El misterio del Trinidad es una producción del Instituto Mexicano de Cinematografía (IMCINE).
Parte de la cinta fue rodada en Puerto Rico.