El general Guajardo, encargado de hacer cumplir las disposiciones del gobierno en la zona rural, ordena el encarcelamiento de los sacerdotes y la represión de la gente después de su esposa, Beatriz, es asesinada en el interior de un templo. A raíz de la represión y el encarcelamiento, sacerdotes y campesinos se levantan en armas. Así, en 1926, estalla la "Guerra Cristera"", un conflicto entre el Clero y el Estado mexicano que duró tres años, y el cual terminó cuando el gobierno y la Iglesia llegaron a un acuerdo. De todos modos Juan te llamas ofrece una visión analítica del conflicto, uno de los menos tratados por el cine mexicano: el movimiento cristero que se desarrolló en el occidente de México entre 1926 y 1929. Resaltando la imposibilidad de ser fiel a la iglesia y al Estado, De todos modos Juan te llamas narra la historia de este general de la época con problemas con su devota familia cuando debe combatir a los creyentes alzados.
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