Lugares oscuros sucede en la ciudad de Kinnakee, en Kansas, Estados Unidos. Una masacre brutal conmociono al país, en 1985, donde la única sobreviviente fue la pequeña Libby Day, de nueve años. Tras un interrogatorio, la niña revela que su hermano Ben fue el asesino de su madre y sus dos hermanas, dejando en ella y en los habitantes de la ciudad una terrible cicatriz. Tras una investigación, los oficiales descubren que Ben tenía una relación tensa con su madre, estaba involucrado con un grupo satanico y pensaba huir con su novia embarazada, lo que los lleva a declararlo culpable y condenarlo. En la actualidad, Libby es una adulta que se ha ganado la vida gracias a las donaciones de miles de personas alrededor del país que siguieron el caso y se ofrecieron a ayudar. Pero luego de varios años, el dinero empieza a agotarse, por lo que es obligada a aceptar una entrevista de televisión, volviendo a recordar la tragedia, involucrándose con un club conocido como “Club del Crimen Verdadero”, cuyos miembros creen que Ben es inocente.
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