Hace siglos en Atlantis, durante la amenaza de un tsunami, la Reina fue envuelta por una extraña luz azul que la abduce al "Corazón de Atlantis", un poderoso cristal que protege la ciudad. El cristal crea una barrera que protege el centro de la ciudad del desastre y que la hunde en las profundidades del océano. En 1914, Milo Thatch, un cartógrafo y lingüista del Instituto Smithsonian de Washington D.C, es marginado por su investigación sobre Atlantis. Cuando el Consejo del Museo rechaza financiar su propuesta de expedición para buscar el Diario del Pastor, un manuscrito antiguo que contiene las direcciones hacia el imperio perdido, el excéntrico millonario Preston B. Whitmore, revela que encontró el Diario del Pastor, y le hace una propuesta para formar parte de una expedición para encontrar Atlantis. En Atlantis: El imperio perdido, Milo empieza una aventura con el diario, un submarino y un intrépido grupo de exploradores para encontrar el misterioso continente perdido de Atlantis. Pero, ¿encontrarán algo más que una ciudad antigua?
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