Luego de mudarse, antes de sus padres, a la finca de su tía abuela Charlotte, la pequeña Mary Smith trata de quitarse el aburrimiento y el tedio de su nueva vida en los campos británicos haciéndose útil en las tareas del lugar. Sin tener amigos, un día conoce a Pedro, un niño local que se burla de ella por su hermoso cabello rojo y sus constantes errores en las labores del campo. Los gatos del chico, Tib y Gib, han llevado unas extrañas flores brillantes y aprendiendo sobre ellas, María descubre que poseen poderes especiales y que han sido elegidas para un día de brujas y hechiceras legendarias. Intrigada por los objetos, una noche decide seguir a los gatos hasta encontrar, en el medio del bosque, una vieja historia, con la cual viajó hasta el Colegio, una impresionante y divertida escuela de magia dirigida por Madam Mumblechook y el doctor Dee. Ahí Mary vivirá aventuras, conocerá amigos permanentes y descubrirá los poderes que desconocía. Mary y la flor de la hechicera es una cinta que carga con la escuela del famoso Estudio Ghibli.
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