Evangelion: 3.0+1.0 Thrice Upon a Time es una cinta de animación y acción, dirigida por Mahiro Maeda, Katsuichi Nakayama, Kazuya Tsurumaki y Hideaki Anno, este último escritor de la historia original. La historia comienza con Maya Ibuku, quien se encuentra al frente de un equipo de investigación de la organización Willie y cuya misión es implementar un sistema diseñado para restaurar la ciudad de París, activando el sistema Anti L, algo que varios equipos habían intentado y fracasado trágicamente. Tan pronto como ha comenzado la activación, un gran número de Eva desconocidos aparecen en diferentes oleadas, con una estrategia de ataque que nunca habían visto. Aunque el enfrentamiento es controlado por Maya y su equipo, la batalla también ha definido una misión nueva que los lleva a encontrarse con un catatónico Shinji y las versiones adultas de Toji, Kensuke y Hikari, uniéndose a un último esfuerzo por mantener a la resistencia y evitar el Impacto Final.
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