Según investigaciones, el asesinato de Buendía habría sido fraguado por el entonces secretario de Defensa, Juan Arévalo Gardoqui, en una reunión realizada a inicios de abril de 1984, a raíz de las denuncias de Buendía sobre la corrupción en los más altos círculos de poder de México, involucrados en el tráfico de drogas ilegales. En dos columnas anteriores a su asesinato, Buendía hacía eco de una denuncia realizada por obispos católicos mexicanos, donde hacían notar la penetración del narcotráfico en las estructuras de poder en México.