Ingenieros de todo el mundo se han reunido cerca de la isla Hachijo-jima, en alta mar al sur de la costa central de la prefectura de Tokio, para la operación a gran escala de «Pacific Buoy», un nuevo sistema que conecta los sistemas de cámaras policiales de todo el mundo y permite el reconocimiento facial. En Detective Conan: Black Iron Submarine, Conan, junto con sus amigos Kogoro, Ran, Agasa, Haibara y los Detective Boys, también se dirigen a la isla con una invitación de Sonoko para ver las ballenas. Recibe un mensaje de Subaru, quien le dice que Gin ha asesinado a un agente de Europol en Alemania. Perturbado, Conan se cuela en el barco policial liderado por Kuroda, que los lleva a la isla para proteger el trabajo de finalización, y recorre las nuevas instalaciones, justo a tiempo para que la Organización Negra secuestrara a una ingeniera, en busca de información importante. en su unidad USB.
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