En Las tortugas ninja 2, cinta de acción y aventura dirigida por Michael Pressman (Doctor Detroit), luego de salvar la ciudad de Nueva York, Leonardo, Rafael, Miguel Angel y Donatello viven, temporalmente, en el departamento de su amiga, la reportera April O’Neal, quien trata de ayudarles a encontrar un nuevo lugar. Sin embargo, diferencias entre ellos vuelven a aparecer, con Splinter buscando permanecer en las sombras, contra la idea de Rafael, que quiere vivir en la ciudad como cualquier otra persona. En medio de sus diferencias ha aparecido un científico, Jordan Perry, que investiga la composición de la sustancia que provocó la mutación en las tortugas. Pronto el científico es secuestrado por criminales que aún forman el peligroso clan del pie, quienes pretenden utilizar la sustancia para su propio beneficio. Lo peor está por suceder cuando se revela que Destructor, el villano que enfrentaron y vencieron las tortugas, ha sobrevivido y ha utilizado la fórmula química para curar sus heridas y fortalecerse, volviéndose más peligroso que antes.
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