En 2011, un virus patógeno mortal mató al 99 % de la población de la Tierra, lo que obligó a los supervivientes a reagruparse y dispersarse por la Tierra. 404 años después, a finales de 2415, todos los supervivientes habitan en Bregna, una ciudad-estado futurista amurallada gobernada por un congreso de científicos. Aunque Bregna es en gran parte un lugar idílico en la Tierra destruida, la gente desaparece de forma rutinaria y la población tiene pesadillas contantes. Una misteriosa asesina llamada Æon Flux (Charlize Theron), es miembro de los Monicans, una organización rebelde clandestina dirigida por Handler (Frances McDormand) que se comunica a través de la tecnología habilitadora de telepatía. Cuando Handler envía a Æon en una misión para matar al presidente, ella descubre un misterio completamente nuevo. En Æon Flux, hay secretos más profundos por descubrir y conspiraciones que frustrar.
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