En 1914, en la zona de la África Oriental Alemana, los hermanos Samuel y Rose Sayer son misioneros cristianos británicos que se dedican a transportar mercancía por el río Uganda a bordo de una vieja embarcación llamada La Reina Africana. Su misión depende, en gran medida, del canadiense Charlie Allnut, dueño del barco y el patrocinio económico. Cuando Charlie llega a una aldea, que visita con regularidad, pasa un tiempo con los hermanos y les informa sobre la delicada situación del panorama mundial, en medio de la Primera Guerra Mundial. Esa noche, un pelotón de soldados coloniales alemanes destruye la aldea y toma varios prisioneros. Samuel, cuya profesión es la de ser reverendo, se siente agobiado y destrozado por los sucesos, perdiendo la razón y muriendo poco después. Tras saber noticias sobre destinos similares en otras aldeas, Charlie decide que es tiempo de huir, arrastrando a Rose, a regañadientes, temiendo que su embarcación pueda ser sujeta a revisión por parte de los alemanes. En el viaje por el río, ambos atraviesan peligrosas situaciones y deciden enfrentarse a los enemigos.
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