El joven Jesse ahora tiene 16 años y trabaja como investigador de la vida de las orcas a bordo de un barco de búsqueda llamado Noah, junto a su viejo amigo Randolph y Drew, un sarcástico científico. En el océano, la amenaza contra las orcas es cada vez mayor pues las están capturando para venderlas en el mercado negro para asesinarlas y usarlas como alimento. El capitán de uno de los barcos balleneros es John Wesley, que es acompañado algunas veces por su pequeño hijo Max, quien no está del todo de acuerdo con las actividades ilegales que su padre, pero no ha tenido el valor de enfrentarlo. Durante su investigación, Jesse se reúne con Willy y ambos ayudarán a Max a entender mejor a estos animales, mientras Willy protege de los balleneros a su compañera que está embarazada. Liberen a Willy 3: el rescate es la tercera parte de esta épica amistad entre el humano Jesse y la orca Willy.
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