Tomoro Tenma es un joven que vive en un mundo donde los pensamientos y emociones humanas (conocidas como ‘e-Pulse’) alimentan a un dispositivo de la Inteligencia Artificial llamados Sapotama. Éstos han resultado ser bastante útiles hasta el momento, sólo que recientemente han comenzando a materializarse unos monstruos extraños llamados Digimon, los cuales también se alimentan de la e-Pulse y debido a su origen tan extraño, la mayoría de los humanos creen que son una amenaza y comienzan a perseguirlos. Tenma no sabe qué pensar al respecto, pero se encontrará en una encrucijada cuando de su dispositivo surja un Digimon llamado Gekkomon, el cual es un ser sumamente extraordinario. Gracias a éste, Tomoro está dispuesto a descubrir la verdad del origen de éstos así que se unirá a un grupo secreto que investiga a los Digimon rebeldes y se dará cuenta de algo sorprendente.