Motoko Kusanagi es la líder de la unidad de élite especializada en delitos tecnológicos, debido a que esta historia se centra en un futuro lejano, la realidad de este entonces ha hecho que exista una línea muy delgada entre los humanos y máquinas. Debido a los enormes avances tecnológicos que existen y que muchas veces son empleados para las peores cosas, Kusanagi debe encargarse de investigar los delitos que competen a esto, como hackers terroristas o mayores amenazas que buscan irrumpir el orden social. Aunque hasta ahora la Mayor Motoko Kusanagi había hecho su trabajo a la perfección sin ninguna clase de cuestionamientos, un evento la llevará a replantearse su propia existencia y lo que significa ser humano.