Motoko Kusanagi es una cíborg y líder de la unidad de élite, Sección 9, donde se encarga de luchar contra el cibercrimen y el terrorismo en un futuro sumamente avanzado, pero que traza una delgada línea entre los humanos y las máquinas. Aunque la sociedad se encuentra inmersa en avances tecnológicos esto no significa que sea más segura, pues a pesar de lo vanguardista que parezca, siguen existiendo muchas desigualdades. Mientras Kusanagi se encarga de hacer su trabajo y mantener el orden, cierto suceso la hará replantearse y cuestionar su propia existencia como la humanidad.