Siguiendo los trágicos eventos del ataque a Nueva York, que desencadenó en una épica batalla entre los Avengers y una raza alienígena, la agencia secreta S.H.I.E.L.D. comienza con un riguroso proceso para reclutar a nuevos agentes quienes tratarán de investigar misteriosos eventos y además de encargarse de lidiar con una nueva raza de super humanos recién descubierta. Liderados por el Agente Coulson, este nuevo equipo conformado por super espías, científicos dedicados, y una misteriosa hacker, tendrá que superar sus diferencias para convertirse en la ultima linea de defensa contras los peligros que amanezcan con destruir a la TIerra. Como primera misión, Coulson intenta detener a una red de poderosos hackers que han logrado apoderarse de información confidencial. Es en esta operación que Coulson y el equipo conocen a Skye, una misteriosa rebelde con un pasado desconocido, la cual a lo largo de la temporada, se convertirá en un recurso valioso para la agencia.