En esta segunda temporada llega un personaje nuevo al equipo del Servicio de Investigación Criminal Naval, se trata de Sonja Percy, quien solía ser una agente de la ATF, pero que tras ayudar al equipo de Dwayne con el caso de Baitfish, cree que trabajaron de una buena forma así que solicita permiso para unírseles. El equipo de Dwayne se sorprende con su llegada, pero están felices de tener a alguien tan preparada y capaz como ella. En esta temporada ocurrirán nuevos casos como homicidios que los agentes deberán resolver, pero habrá uno que realmente los conmocionará, se trata de un ataque terrorista interno y por si fuera ocupo, dentro del Departamento de Seguridad Nacional también prevalece la corrupción, así que Dwayne y sus agentes tendrán que investigar sobre quién se trata.