La segunda temporada se ubica tres meses después de los sucesos ocurridos durante la primera temporada. Después de ser detenida por Kurt Welle, Jane Doe logra huir de la custodia de la CIA en donde sufrió momentos de tortura durante tres meses. Kurt y su equipo se enfrentan a nuevos cambios después de la muerte de Bethany Mayfair e intentan adaptarse a la inclusión de Nas Kamal, como también a una nueva doble-agente Jane, quien trabaja en conjunto con Tormenta de Arena para entender el objetivo de la organización y su pasado personal.
22 episodios
Transmitida en NBC
Transmitida desde: 14 de septiembre de 2016
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Para su sorpresa, Jane es capturada nuevamente por la CIA. Para no sufrir las consecuencias, Jane acepta convertirse en un agente triple.
El equipo se apresura a evitar que un agente corrupto de la DEA venda misiles aguijón a un cartel de drogas mientras Weller lucha por mantener a todos en el mismo equipo.
Weller y el equipo deben correr a toda velocidad para detener una serie de bombardeos en la ciudad de Nueva York, mientras que Jane se ve obligada a ir a una misión de asesinato para demostrar su lealtad.
Nas y Weller navegan su nueva dinámica como co-líderes durante la búsqueda del equipo de un asesino en la gala del museo, que resulta estar ocultando un oscuro secreto.
Después de que un político prominente es casi asesinado durante una concentración, Weller y el equipo deben trabajar con el mariscal estadounidense Allie Knight.
Weller y Nas persiguen a un denunciante de fugitivos en Bulgaria. Jane va en una misión de tormenta de arena con Roma. Reade y Zapata tratan un asunto urgente.
Rich Dotcom regresa al FBI cuando necesita ayuda con un problema urgente.
Weller y Jane desaparecen mientras están encubiertos, por lo que el equipo tiene que recurrir a dos delincuentes para descubrir qué sucedió.
Después de que Jane descubre que Sandstorm se está preparando para un ataque inminente, arriesga todo para enviar un SOS secreto a su equipo del FBI.
Patterson falta y Roman está suelto, por lo que Jane y Weller deben encontrarlos antes que Shepherd.
Después de que uno de los terroristas más buscados del mundo aparece en Nueva York por razones desconocidas, el equipo debe asociarse con la CIA para detener un atentado mortal.
Cuando un tatuaje inusual regresa a Roman, el equipo debe decidir si lo envía al campo para ir encubierto con una peligrosa pandilla de motociclistas.
El equipo enfrenta una lucha cuando descubren que Kurt Weller podría estar trabajando como agente doble sin darse cuenta él mismo.
Un tatuaje señala al equipo a una poderosa sociedad secreta colegiada, pero solo Rich Dotcom, uno de sus ex alumnos, puede infiltrarse en él.
El equipo persigue a un mensajero mortal del inframundo después de que un conjunto de tatuajes produce múltiples pistas.
Weller y Jane se enfrentan a un viejo enemigo cuando se encuentran cara a cara con la fuente de Nas en Sandstorm.
Jane y Oliver terminan en una situación peligrosa que revela sus secretos.
Mientras el equipo intenta defenderse de un viejo rival, un tatuaje los lleva a una muerte misteriosa en un hogar de acogidos.
Jane y Weller van encubiertas en una búsqueda del tesoro de alto riesgo dirigida por hackers poderosos. Shepherd viaja a Tailandia para adquirir un arma peligrosa.
Zapata es enviado a la cárcel junto a Devon. El equipo debe hacer todo lo posible para ayudar a Zapata a salir.
El equipo finalmente descifra a un miembro de Sandstorm, lo que lleva a un gran avance en el descubrimiento de la Fase Dos.
Mientras el FBI hace frente a una tragedia, Weller se encuentra en el centro de un evento sorprendente. Jane se enfrenta a un futuro incierto.