La segunda temporada se ubica tres meses después de los sucesos ocurridos durante la primera temporada. Después de ser detenida por Kurt Welle, Jane Doe logra huir de la custodia de la CIA en donde sufrió momentos de tortura durante tres meses. Kurt y su equipo se enfrentan a nuevos cambios después de la muerte de Bethany Mayfair e intentan adaptarse a la inclusión de Nas Kamal, como también a una nueva doble-agente Jane, quien trabaja en conjunto con Tormenta de Arena para entender el objetivo de la organización y su pasado personal.
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