Mulder se encuentr en el desierto después de los eventos del final de la segunda temporada y recupera su salud gracias a la intervención de Albert Hostee. Mientras tanto, Scully investiga la posible participación del programa de erradicación de la viruela en la experimentación genética humana, descubriendo que un científico nazi que desertó durante la Operación Paperclip ha estado realizando experimentación humana para crear híbridos extraterrestres. Sin embargo, su hermana Melissa es asesinada a tiros por asesinos que la confunden con Dana, y muere en el hospital esa noche.