Está temporada inicia con los eventos que provocaron la guerra entre la Federación espacial y los Klingon. Después de que Michael Burnham, la primer oficial de la nave U.S.S. Shenzou, accidentalmente mata a un guarida mientras investiga un objeto extraño en el espacio, trata de evitar una posible guerra contra la raza alienígena y desobedece una orden directa de la Capitana Philippa Georgiou, por lo que termina siendo transferida a la U.S.S. Dicovery, quien es dirigida por el Capitan Gabriel Lorca. A medida que la historia se desarrolla, nuevos enfrentamientos entre la flota espacial y los Klingon se desarrollan, por lo que es deber de Burnham y el resto de la tripulación tratar de terminar con la guerra. El camino no será nada fácil para la tripulación, a medida que viejas caras del pasado regresan, nuevas traiciones surgen y nuevos amores se presentan.