Esta nueva temporada comienza siguiendo los eventos de la primera, 10 años antes de la historia principal de la franquicia y justo cuando la tripulación de la U.S.S. Discovery, logra establecer contacto con la mítica U.S.S. Enterprise, por lo que ambas tripulaciones harán equipo en más de una ocasión para resolver los misterios que esconde la galaxia. Los problemas continuan para Michael Burnham, pues debido a una serie de eventos inesperados, es forzada a elegir entre la familia en la que nació y la familia que escogió. Por su parte, el hermano adoptivo de la capitana, Spock, se vera inmiscuido en el misterio de 7 resplandecientes luces rojas separadas a años luz de distancia. La U.S.S. DIscovery forma equipo con el Capitan, Christopher Pike y la tripulación de la Enterprise, en lo que apunta ser una misión para rescatar al Vulcano desaparecido. A pesar de ser criada por una familia de Vulcanos, los deseos humanos de Burnham continuan acechándola, por lo que deberá luchar para suprimir su naturaleza terrestre, antes de que le provoque una lucha contra su familia del espacio.
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