En la segunda temporada, FLCL Progressive, Haruko regresa a Mabase muchos años después de su intento fallido de contener a Atomsk en la primera temporada, aunque logró absorberlo en algún momento entre estos eventos. Haruko, que se presenta como profesora de aula de secundaria, se dirige a una niña de 14 años llamada Hidomi Hibajiri a través de su compañera de clase y eventual interés amoroso, Ko Ide.