La serie informa a los espectadores sobre la historia del origen de Ultraman, presentand al ahora retirado Hayata (que no recuerda sus primeros días de lucha con extraterrestres) y su hijo Shinjiro, curiosamente resistente, que parece poseer habilidades extrañas que su padre no puede explicar. A medida que avanza la serie y las fuerzas alienígenas regresan para amenazar la tierra, el verdadero destino y los poderes de Shinjiro salen a la luz, y toma el manto de Ultraman, aunque incluso con la ayuda del Grupo de Búsqueda Especial Científica (apodado "Patrulla Científica"), el trabajo puede ser más difícil de lo que esperaba.
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