Luke Ellis es un niño de 12 años cuyos padres son asesinados a la mitad de la noche por unos intrusos desconocidos. Posterior al terrible suceso, Luke despierta en una habitación exactamente idéntica a la suya, excepto que no tiene ventanas. Localizada en Maine, el lugar es llamado El Instituto, y es una instalación secreta del Gobierno de los Estados Unidos en la que diversos niños han sido secuestrados y encarcelados. Fuera de la puerta de Luke hay otras puertas, detrás de las cuales hay otros niños con talentos especiales, como telequinesis y telepatía, que llegaron allí de la misma manera que lo hizo Luke. En El Instituto, los niños son sometidos a entrenamientos para sacar el mayor provecho a sus habilidades especiales.