Gabimaru es el ninja más mortal que ha existido en todo Iwagakure, pues desde pequeño fue entrenado para poder ser el arma más letal de la época. Aunque Gabimaru siempre logra tener éxito en sus misiones, está cansado de matar por lo que decide fugarse del pueblo junto a su esposa, ya que él tan solo quiere tener una vida normal. Aunque traza un plan para poder irse sin ser notado, sus compañeros logran engañarlo y a causa de esto es capturado y sentenciado a morir. Aunque la verduga Asaemon Sagiri lo ejecuta en repetidas ocasiones con toda clase de instrumentos, se da cuenta que el cuerpo de Gabimaru es sobrehumano y se rehúsa a morir, así que se le ocurre asignarlo en la misión más letal: hallar el elixir de la vida, y sólo si logra completarla podrá ganar el perdón de todo el shogunato y de esta forma su libertad. Asaemon sabe que Gabimaru ama a su esposa más que nadie y es por eso que le hace la oferta de ir a la misteriosa isla de Shinsenkyo, donde se dice que está escondido el elixir. Gabimaru deberá enfrentar los innumerables peligros que lo acechen, ya que antes de él habían sido enviadas cinco flotas de expedición que terminaron pereciendo, además no será el único buscando el elixir, pues Asaemon ha enviado a otros 10 asesinos más que también esperan obtener el perdón por sus crímenes. A Gabimaru le espera un gran baño de sangre y complicadas situaciones, pues quien sea el primero en obtener el elixir podrá ser libre.
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