Durante la era Tokugawa existió el samurái más letal hasta el momento, Kenshin Himura, quien con su peculiar espada y estilo terminaba con sus enemigos en escasos segundos. Este hombre al dar inicio la era Meiji decidió cambiar de rumbo, pues se encontraba verdaderamente arrepentido por haberse llevado la vida de docenas de inocentes. Ahora se dedica a deambular por todo Japón para así ayudar a los más necesitados y poner sus habilidades al servicio de éstos, debido a que se convirtió en una clase de ‘vagabundo’ él nunca revela su verdadera identidad, pues le avergüenza su pasado. En uno de sus recorridos se encuentra con una joven, Kaoru Kamiya, la cual es instructora de dojo y termina por salvarla ya que un grupo de ladrones estaba dispuesto a atacarla para quedarse con su propiedad. Luego de este primer encuentro, Kaoru le ofrece un techo a Kenshin el tiempo que él desee y éste termina por aceptar ya que también se siente cómodo de que la joven no parece importarle en indagar su pasado ni identidad. A partir de esto ambos comenzarán con una aventura que no esperaban, pues conocerán a un niño huérfano, un luchador a sueldo y una doctora que estaba inmersa en el tráfico de drogas; cada uno con un pasado turbulento y complicado llegarán con Kenshin y Kaoru, y con esto formarán un grupo inusual, pero que tanta falta les hacía. Eso sí, sortearán todo tipo de problemas y enemigos cuando el pasado de Kenshin salga a flote.