Kafka Hibino continúa luchando contra su condición, su lado kaiju, pues tras haberse convertido en un humano-kaiju creía que estaba condenado para siempre. Afortunadamente logra ser parte de las Fuerzas de Defensa, sólo que en este sitio su secreto corre más peligro y un día tiene que dejar ver su verdadero yo cuando se dispone a salvar a sus compañeros de un monstruo, por lo que ahora su existencia se ecuentra entre la vida y la muerte, ya que los líderes no saben qué hacer al respecto con el hecho de que entre ellos esté un humano-kaiju. Por esto mismo, la segunda temporada retratará el juicio que se llevará contra Kafka, quien está detenido y a la espera de su veredicto, ¿podrá ser perdonado y seguir en las Fuerzas de Defensa? O ¿tan sólo le deparará un fatal destino? Es probable que Kafka sea una nueva esperanza para los suyos, por lo que deberá hallar un modo de hacerles saber que al comprender mejor a los kaiju, sus habilidades sirven más en las Fuerzas de Defensa.