La Academia Kamome está rodeada de diversos msiterios, pero sin duda el espíritu de Hanako-kun es una de los más sobresalientes e increíbles. Este travieso fantasma logra establecer un vínculo con una de las estudiantes de primer año, Nene Yashiro, quien está bastante interesada por los temas del ocultismo y no duda en volverse en la asistente de Hanako. Ambos tienen la misión de no causar problemas para el plano espiritual como de los humanos, pero de alguna forma estos dos siempre terminan metidos en líos y la academia se vuelve el escenario principal de éstos. Nene y Hanako por diversos descuidos terminan haciendo un caos, pero al mismo tiempo solucionándolo, sólo que tras intentar equilibrar estos mundos ¿qué más realizan? ¿qué otros pendientes hay en su vida? Este anime también explora sus vidas con sus amigos y cómo pasan su tiempo libre, cuando de algún modo logran tener bajo control todo.