En la actualidad los ninjas siguen existiendo dentro de la sociedad japonesa, pues tras haber terminado la Segunda Guerra Mundial, la nación del sol naciente decidió que estos guerreros se encargarían de seguir protegiendo a la sociedad de cualquier amenaza. Sólo que ninguno debe revelar su verdadera identidad, por lo que están mezclados con los demás para así pasar por desapercibidos; cada uno es asignado a una misión especial que va desde evitar ataques terroristas o espionaje local, así que sólo hasta que son llamados pueden proceder a actuar. Kumogakure Kuro es un joven que tras haber descubierto su vocación como ninja no ha podido tener la oportunidad de demostrar su valía ya que hasta ahora no ha sido llamado para encargarse de algún trabajo, pero eso está a punto de cambiar. Luego de mucho tiempo, Kuro es asignado a una misión donde deberá infiltrarse en una escuela, así que deberá sacar lo mejor de sus habilidades para así evitar que varios extranjeros asesinos invadan Tokio. A partir de este momento, la vida de Kuro cambiará en todos los aspectos.