La Tierra ha pasado por una terrible catástrofe que resultó en la pérdida de la mitad de la humanidad y aunque ya son 15 años desde este incidente, las cosas ya no son igual. En Pleno 2015, los seres humanos vuelven a ser amenazados por los misteriosos seres que se hacen llamar 'ángeles', aquellos que provocaron ese Segundo Impacto que arrasó con el 50 por ciento de la población. Debido a todo lo ocurrido ya se tiene un plan de ataque cuando otro día así volviera a suceder, por lo que la ONU decidió establecer la organización NERV en Tokio-3. Esta organización se encargó de desarrollar varios gigantes biomecánicos llamados Evangelion que serán los que combatirán a los ángeles, pero para usarlos deben ser forzosamente pilotados por adolescentes, no alguien mayor ni menor, sólo los jóvenes pueden acceder a éstos. Todo comienza a complicarse cuando el Tercer Ángel comienza a destruir todo a su paso en la ciudad, así que el dirigente de NERV, Gendo Ikari, debe actuar rápido o volverá a ocurrir una desgracia. A pesar de la mala relación que tiene con su hijo Shinji, le pide ser el piloto de la unidad 01, quien termina aceptando y a partir de esa misión a la que fue encomendado, se desatarán varias batallas, conspiraciones y problemas que él deberá hallar la forma de resolverlos a pesar de su edad. Aunque su vida comenzará a complicarse, por fortuna logrará conocer a Toji Suzuhara, Kensuke Aida, Hikari Horaki y Rei Ayanamo, quienes se volverán sus mejores amigos y de los que se apoyará para evitar el fin del mundo.