En el año 2000, la Tierra sufrió una de las peores catástrofes a causa de unos seres extraordinarios llamados ‘ángeles’, éstos se encargaron de terminar con la mitad de la población por lo que el mundo quedó devastado. En el presente ya han transcurrido 15 años de aquel suceso, pero pareciera que está a punto de repetirse, pues de nuevo un ángel ha llegado al planeta para acabar con él. Debido a que anteriormente se tenía registro de la catástrofe del año 2000, el mundo entero se comenzó a preparar para un segundo ataque y la ONU creó una organización paramilitar, NERV, que fue establecida en Tokio-3. Dentro de NERV se desarrolló una tecnología que consiste en gigantes biomecánicos que llevan por nombre Evangelion, pero éstos sólo pueden ser pilotados por adolescentes, sólo los jóvenes son encomendados en estas importantes y arriesgadas misiones. Gendo Ikari, quien es el dirigente de NERV decide actuar rápido ante la amenaza del Tercer Ángel que está arrasando con todo en la ciudad, así que a pesar de la mala relación que tiene con su hijo Shinji, lo contacta para que él sea el piloto líder de la Unidad 01 y éste termina aceptando a pesar de que se resistía en un inicio. A partir de que Shinji se vuele piloto tendrá que atravesar por varias complicadas misiones como situaciones, su vida cambiará por completo y se encontrará en constante riesgo, a pesar de que las cosas se vuelvan difíciles para él tendrá el apoyo de sus mejores amigos a los cuales conocerá en la nueva escuela de Tokio y será quienes le darán su fortaleza en los peores momentos.