La Sección 9, después de haber sido deshabilitada en la temporada anterior vuelve, en el primer episodio, a ser reconstruida clandestinamente con Daisuke Aramaki al mando, bajo las órdenes de Yoko Kabayuki la primera mujer ministra de Japón. Bajo Aramaki, y al mando de la Sección 9 está de nuevo Motoko Kusanagi con los mismos compañeros de la temporada anterior y junto a nuevas incorporaciones, incluida la de los Tachikomas que habían sido deshabilitados por haber adquirido una IA muy desarrollada.
26 episodios
Transmitida desde: 2004
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Han pasado dos años desde que el Umibozu disolvió por la fuerza la Sección 9.
Después de la Tercera Guerra Mundial nuclear y la Cuarta Guerra Mundial no nuclear (también conocida como Segunda Guerra de Vietnam), Japón aprobó una ley conocida como Política de Acción Especial para Refugiados, invitando a refugiados de guerra de toda Asia a ingresar a Japón.
Una investigación formal sobre Todoko ha arrojado pruebas de que podría estar gestionando los activos del ex Secretario General Yakushima.
El mayor ejercicio con fuego real jamás realizado por las Fuerzas de Autodefensa japonesas está actualmente en marcha antes del anuncio previsto por el Primer Ministro de la derogación de la Política de Acción Especial para los Refugiados.
El Primer Ministro Kayabuki ha renunciado formalmente a la Política de Acción Especial para los Refugiados, una medida que ha generado muchas críticas por parte de los refugiados de todo Japón.
El principal sospechoso detrás de un intento de chantaje al Ministerio de Energía apareció muerto en la ciudad de Nihima. Originalmente se presume que fue víctima de un trágico accidente; sin embargo, un examen más exhaustivo del cuerpo revela pruebas de homicidio.
Aramaki es convocado a la oficina del Primer Ministro después de que los planes para enviar plutonio desde el distrito Uchikon 7 del distrito de refugiados de Shonjuku se filtraran a los terroristas.
Cansado de ser manipulado por Gohda, Aramaki decide tomar la iniciativa y llevar a cabo su propia investigación sobre el caso del Individuo Once mientras simultáneamente investiga la Agencia de Inteligencia del Gabinete.
El intento fallido de asegurar al ex-oficial de GSDA para interrogarlo ha demostrado ser la gota que colma el vaso, ya que el Mayor Kusanagi decide ir directamente a la base de datos de la Agencia de Inteligencia del Gabinete para determinar qué está haciendo Gohda sin todos los cables adicionales y instrumentos de cuerda.
De camino a casa desde el trabajo, Togusa se ve envuelto en una disputa doméstica entre Yukadi Shisharow y su novio cuando la dama de repente tropieza frente al auto de Togusa y grita pidiendo ayuda.
Batou y Togusa están probando a ocho posibles nuevos reclutas para la Sección 9.
Los Tachikoma localizan una puerta furtiva a la que solo se puede acceder a través del sistema de satélite europeo. Después de cruzar la puerta, Boma recupera un archivo sospechoso que se cree que es el virus que infectó a The Individual Eleven.
Aramaki convoca una sesión informativa para discutir los eventos que rodearon la aparición repentina y el asesinato/suicidio de los miembros de The Individual Eleven.
Representantes del Imperio Americano han llegado a Japón para discutir un nuevo tratado de seguridad y la Sección 9 es uno de los diversos grupos asignados para asegurar el edificio donde se llevan a cabo las conversaciones.
La flota de Tachikoma de la Sección 9 está fuera de servicio por mantenimiento de rutina. Mientras los técnicos inspeccionan la flota, los think tanks inician una discusión filosófica sobre el caso del Individuo Once y las implicaciones y motivos detrás del mismo.
La Primera Ministra convoca una reunión de su gabinete para discutir la situación de los refugiados.
Tras los informes de inteligencia de Ishikawa, el mayor se dirige a Taiwán para investigar una pista sobre Kuze.
Un paciente que se somete a un procedimiento médico de rutina empeora inesperadamente y el personal médico hace un esfuerzo frenético para salvarlo.
En la isla Dejima se está gestando una crisis. Los refugiados se han alejado de Japón en un esfuerzo por crear una región autónoma que puedan considerar propia.
La Sección 9 se reagrupa del tiroteo y el cuerpo de su compañero de equipo muerto es transportado en avión fuera de Dejima.
Batou se enfrenta a Kuze en un esfuerzo por evitar que se vaya con el plutonio, pero Kuze demuestra ser una mejor pelea que Batou y termina inutilizando la pierna derecha y el brazo izquierdo de Batou y dejando a Batou fuera de servicio.
Se ha descubierto un dispositivo nuclear táctico en la Torre de Telecomunicaciones Kyushu en la capital japonesa de Fukuoka y posteriormente unos 35 millones de ciudadanos son evacuados durante un período de cinco días para permitir que el Ejército Terrestre de Autodefensa difunda y retire de forma segura el dispositivo.
El primer ministro Kayabuki se reúne con su gabinete para discutir el incidente de la bomba nuclear de Fukuoka, pero el gabinete ya ha decidido desplegar el ejército para recuperar el plutonio restante supuestamente escondido en la isla Dejima.
El secretario jefe del gabinete releva formalmente a la primera ministra de sus deberes ministeriales por su decisión de convocar a la ONU para mediar en la crisis de Dejima.
Las unidades de Tachikoma, mediante el uso de un satélite, han detectado un submarino de misiles balísticos del Imperio Americano que transportaba misiles balísticos lanzados desde submarinos nucleares frente a la costa de Okinawa.
La JMSDF lanza otra ronda de fuego de artillería naval y ataques con misiles mientras los refugiados en Dejima intentan evacuar la isla a bordo de balsas y barcos improvisados.