En un futuro lejano, en el año 2118, la humanidad ha quedado casi extinta a causa de una invasión alienígena. Un grupo llamado Draktor arrasaron con todo a su paso y los pocos sobrevivientes han sido resguardados en refugios fortificados y también se les ha borrado la memoria respecto a la invasión, sólo que el joven Yamato Ichidaji recientemente ha experimentado flashbacks de aquella tragedia y cómo su familia terminó muriendo. Él termina siendo elegido por el gobierno como uno de los pilotos que van a manejar los robots gigantes que han desarrollado para poder enfrentarse a los Draktor, estos robots se llaman Rogue, y además de Yamato, otros chicos y chicas son elegidos para ser los pilotos en esta importante de misión. Yamato es alguien que busca venganza, tiene un carácter voluble y algo violento así que quiere terminar con todos los aliens que le han quitado lo que más amaba. Él junto a los demás pilotos se preparan de la mejor forma, sólo que sus elecciones pueden verse afectadas drásticamente cuando conoce a la princesa fugitiva de los Draktor, Arshem Laia, quien busca que los humanos y su pueblo convivan pacíficamente.