Ixia se ha encargado de emprender un viaje para recuperar las esperanzas de la humanidad, por lo que se dirige hacia el Santuario, el cual es el último refugio que queda para las personas. En esta temporada se suman nuevos personajes, aliados, pero también enemigos. Por un lado Arshem se ha encargado de liderar al ejército de los Draktor, pues busca mantener su promesa de que éstos puedan convivir en paz con los humanos, aunque no a todos les parece su ideología, por lo que aún tendrá varios enemigos rodeándola. Mientras que Yamato continúa con su grupo haciendo su labor, todos ellos han sufrido terribles pérdidas, pero a pesar de lo malo siguen en pie y buscan un mejor futuro para todos. Yamato y Ashem se adentran a otra travesía llena de dificultades, desafíos y venganza, pero gracias a su determinación no se piensan rendir y le harán frente a quien sea.